La cueva consta de un eje principal, que se desarrolla en la dirección NNW-SSE, a unos 7 km de largo, y se compone de una gran galería atravesado por el río. La galería principal tiene varias ramas y algunos afluentes modesto, sobre todo desde la izquierda. El principal afluente es el Australian's Inlet, justo abajo del Rockpile, procedente de una zona deprimida situada justo al sur del Barrio Sabang. Otro pequeño afluente por la izquierda se encuentra no muy lejos de el Daylight. En el lado derecho, el único afluente notable se encuentra a 1 km arriba de el Rockpile, y proviene de una rama corta con cierre de sifón.

Túneles paralelos a altitudes cercanas al nivel del mar, se desarrollan especialmente en el lado izquierdo de la rama principal, en su parte media y baja (Cin Gallery). Parte de estas galerías se reactiva durante las inundaciones, como lo demuestra la presencia de depósitos aluviales significativos. En la parte inferior del río subterráneo se desarrollan otros pequeños túneles paralelos, semi - inundados, dando lugar a una especie de red de canales retorcidos, típico de zonas intermareales del estuario (áreas situadas entre la marea alta y baja).

Una de estas ramas laterales, que comienza en el lado derecho a unos 150 metros arriba de la entrada del valle, se extende a pocos metros sobre el nivel del mar hasta una impresionante colada estalagmita más allá del cual la galería continúa teniendo un tamaño considerable y una morfología como cañón. De hecho, hemos entrado en una especie de paralelo al río, cuya existencia se sospechaba desde hace algún tiempo, alimentado por filtraciones de agua recolectada de el macizo kárstico y no de los sumideros, y luego sólo se activa durante la estación húmeda.

La galería (Galería 150 años), que a veces tiene una anchura de hasta 30 metros y alturas de 40 a 50 m, se extiende por unos 4 km hacia el SW, en paralelo al río principal, sino para a unas pocas decenas de metros. La morfología es la de una gran cañón subterráneo con terrazas erosión en las paredes y depósitos aluviales. Por largos tramos las paredes están cubiertas de espectaculares concreciones cristalinas coralloides y excéntricas. La galería termina con un gran deslizamiento (Magallan Chamber), ahora cerca de los grandes salones que crecen por encima del río principal. Debajo de esta galería se encontran algunas ramas con morfologías claramente epi-freático, probablemente formada por el ascenso periódico de la superficie piezométrica.

En la parte sur del sistema kárstico subterráneo son algunas grandes ramas superiores (HaloHalo Gallery), en el lado derecho en comparación con la ruta activa actual, que representan segmentos, ahora divididos por el hundimiento y rellenos, de una antigua ruta del río subterráneo con galerías que tienen dimensiones generalmente mayores que las del colector corriente. Donde se conserva la forma original del conducto, la parte de la planta es de alrededor de 50 a 60 m snm. Muchos sectores han sido objeto de caídas, que han ampliado el tamaño, con la creación de grandes salas como la Italian's Chamber, que tiene una longitud de 300 m, una anchura máxima de 140 m y una altura estimada de 80 m, con un volumen de aproximadamente 2,5 millones de metros cúbicos.