La grotta è costituita da un asse principale, che si sviluppa in direzione NNW-SSE, lungo circa 7 km, formato da una grande galleria percorsa dal fiume. La galleria principale presenta diverse diramazioni, e qualche modesto affluente, soprattutto da sinistra. L’affluente principale è quello dell’Australian's Inlet, poco a valle del Rockpile, proveniente da una zona depressa situata poco a sud del Barrio Sabang. Un altro piccolo affluente sinistro si trova non lontano dal Daylight. Sul lato destro, l’unico affluente degno di nota si trova circa 1 km a monte del Rockpile, e proviene da una breve diramazione chiusa da un sifone.
Gallerie parallele a quote vicine al livello del mare, si sviluppano soprattutto sul lato sinistro del ramo principale, nella sua parte media e inferiore (Cin Gallery). Parte di queste gallerie è riattivata durante le piene, come testimonia la presenza d’ingenti depositi alluvionali attuali. Nella parte inferiore del fiume sotterraneo si sviluppano altre piccole gallerie parallele, semi allagate, che danno origine a una sorta di reticolo a canali intrecciati, tipico delle zone intertidali d’estuario (zone situate tra alta e bassa marea).
Una di queste diramazioni laterali, che ha inizio sul lato destro circa 150 m a monte della entrata di valle, si sviluppa a pochi metri s.l.m. sino a un’imponente colata stalagmitica di là dalla quale la galleria prosegue assumendo dimensioni notevoli e con morfologia a forra. Di fatto siamo entrati in una sorta di fiume parallelo, la cui esistenza era sospettata da qualche tempo, alimentato dalle acque d’infiltrazione raccolte dal massiccio carsico e non da inghiottitoi, e quindi attivo solo durante la stagione umida.
La galleria (150 years Gallery), che a tratti ha larghezze sino a 30 m e altezze di 40-50 m, si sviluppa per circa 4 km in direzione SW, quindi parallela al fiume principale, ma a quote di qualche decina di m. La morfologia è quella di una grande canyon sotterraneo con terrazzi d’erosione sulle pareti e depositi alluvionali. Per lunghi tratti le pareti sono coperte da spettacolari concrezioni cristalline coralloidi e da eccentriche. La galleria ha termine con un grande ambiente di frana (Magellan Chamber), ormai vicino ai grandi saloni che si sviluppano superiormente al fiume principale. Di sotto a questa galleria si trovano alcune diramazioni con morfologie chiaramente epifreatiche, probabilmente formatesi per risalita periodica della superficie piezometrica.
Nella porzione meridionale del sistema carsico sotterraneo si trovano invece alcune grandi diramazioni superiori (Halohalo Gallery), sul lato destro rispetto all’attuale percorso attivo, che rappresentano i segmenti, oggi divisi da crolli o riempimenti, di un antico tracciato del fiume sotterraneo con gallerie che hanno dimensioni in genere maggiori di quelle del collettore attuale. Laddove si è conservata la forma originaria del condotto, la quota del pavimento si trova intorno a 50-60 m s.l.m. Molti settori sono state oggetto di crolli, che ne hanno ampliato le dimensioni creando grandi sale come l’Italian’s Chamber, che presenta una lunghezza di 300 m, una larghezza massima di 140 m ed un’altezza stimata di 80 m, per un volume di circa 2,5 milioni di metri cubi.
